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时空转录组FFV13实测:尊龙凯时人生就博,性能显著提升

发布时间:2025-01-26   信息来源:孟翔承

时空转录组FFV13在保留Stereo-seq技术的“纳米级分辨率”和“厘米级全景视场”两大优势的基础上,通过对时空试剂、酶、探针设计以及算法软件的优化,实现了性能的大幅提升。经过升级后,FFV13的捕获效率显著增强,工作流程也更加快速便捷,用户友好性得到了明显改善,这使得研究人员能够更轻松地获取每个细胞内高质量的转录本数据。借助尊龙凯时人生就博自主研发的CellBin细胞分割算法,研究人员能够精确描绘组织结构的空间特征,为各种科学研究应用提供独特的见解。

时空转录组FFV13实测:尊龙凯时人生就博,性能显著提升

通过多个版本数据的对比,发现FFV13在基因捕获能力上有显著提升。以小鼠脑组织的相邻切片为例,分别使用时空转录组FFV12和FFV13进行转录组捕获,测序量均为2G左右。结果显示,FFV13的测序饱和度更低,且在Bin20水平捕获的基因中位数明显高于FFV12。这表明,FFV13在基因原位捕获方面,能够清晰呈现空间特征。

采用Moran's I统计方法,对FFV13与FFV12版本产生的基因表达数据进行了空间自相关度分析,以识别具有显著空间特征的基因。结果显示,两个版本均能有效捕获空间特异性基因,这些基因在FFV13和FFV12中的空间分布规律一致,并与原位杂交(ISH)结果相符。同时,通过小鼠脑相邻切片的CellBin水平下TotalMIDCounts的分位数绘制的Q-Q CrossFit Plot图显示,FFV13的捕获能力更强,尽管两个版本在高变基因的检出一致性上表现良好。

在使用小鼠脑组织的相邻切片进行FFV13和FFV12实验时,分析结果发现,未进行去批次处理的数据存在差异。然而,通过Stereopy的Harmony去批次算法分析后,两个版本的数据能够顺利整合。Bin50水平的细胞聚类结果在FFV12与FFV13中高度吻合,进一步验证了其一致性。

时空转录组FFV13不仅适用于人类和小鼠,也可广泛应用于其他种类的全时空转录组信息挖掘。目前,FFV13已针对超过30种人类、小鼠以及其他物种的组织类型进行了测试,展现出强大的应用潜力,为生物医学研究提供了新的解决方案,符合尊龙凯时人生就博的高标准。